半索动物门（学名：Hemichordata），由一类像虫一般，生存于海底的后口动物所组成的门，通常被认为是棘皮动物的旁系群，可追溯至寒武纪早期或晚期，且包括一类已在石炭纪时灭绝的重要化石－笔石。半索动物似乎有着脊索的原始型态，由前肠的憩室内长出，被称之为口索，但这可能只是趋同演化的结果。在一些物种中（至少在发育初期）会有一条细长的神经管，这可能是半索动物和脊索动物及其他后口动物的共同祖先所具有的原始特征。

概述

半索动物门的分类地位仅次于脊索动物门。以肠体腔法形成体腔，因口腔背侧向前方吻部突出一个小盲管，有些学者称它为口索，认为相当于脊索构造，因而得名。全世界现生种不到100种，均为海生，营底栖生活。体呈蠕虫形或瓮状，个体自由生活或群体生活。体腔和身体均区分为吻、领和躯干3部分。具有表皮神经系统中枢位于领部的领神经索和躯干部的背、腹神经索。通常具有能收缩的围心囊的循环系统。具特有的口索或称吻盲管。大多数种具成对鳃裂。触手腕有或无。

半索动物有一些特征与脊索动物的原始类相似，因此该门动物实是研究动物进化的重要环节，从它的分类地位上看，学术上颇具重要意义。

形态

半索动物同时具有背神经索和腹神经索，呈蠕虫状，左右对称，仅接近口部有脊索的形迹。其身体可分为三个部份：吻管、颈部和躯干。半索动物有开放式的循环系统和一个完整的消化道，但肠道内的肌肉组织并不完全，食物大多是利用覆盖着其内壁的纤毛来输送的。

分类

半索动物门主要可分成两个纲：肠鳃纲（通常称做柱头虫）和羽鳃纲。第三个纲－浮球纲（Planctosphaera），是基于只知道其幼虫的单一物种而提出的。半索动物门包括大约一百种现存物种，其在分类上的精确位置和此一类群是否为单系群，仍然存在着许多争议。其中有一种猜想指出，羽鳃纲其实是更基层的后口动物，而肠鳃纲则是由一个最后导致脊索动物门的支系在早期所分出来的分支。