鞭毛菌亚门（汉语拼音：Bianmaojun Yamen；英语：Mastigomycotina），真菌门的一亚门。因其无性生殖、产生具鞭毛的游动孢子而得名。

成立亚门

菌体为单细胞或由无隔菌丝组成的菌丝体。由于接合菌亚门的菌丝也无隔膜，故曾长期将二者放在一起，统称藻状菌。20世纪60年代后，因本亚门真菌无性生殖产生能动的游动孢子、有性生殖形成卵孢子或休眠孢子囊，与接合菌亚门产生的不能动的孢囊孢子和接合孢子有本质的区别，因而被分为两个独立的亚门。

习性

鞭毛菌大多习居水中，仅少数两栖或陆生。腐生、寄生和专性寄生均有。能寄生于藻类 、蕨类 、种子植物、昆虫、鱼类以及其他真菌上。如霜霉和白锈菌为害多种经济植物，疫霉和腐霉为害许多栽培植物，水霉为害鱼苗和鱼卵，而雕蚀菌则侵染蚊蚴，串胞壶菌杀灭线虫。

分类

根据游动孢子鞭毛的数目和着生位置的不同，本亚门下分：

①壶菌纲：游动孢子为单鞭毛，后生尾鞭；

②丝壶菌纲：游动孢子为单鞭毛，前生茸鞭；

③卵菌纲：游动孢子为双鞭毛，前茸鞭，后尾鞭。