甲藻门(汉语拼音：Jia zao meng；英语：Pyrrophyta），藻类植物的一门。除少数裸露无壁的种类外，都有厚的主要是纤维素组成的细胞壁，称为壳。光合色素为叶绿素a和c，β-胡萝卜素，叶黄素类为硅甲藻素、甲藻黄素、新叶黄素及甲藻所特有的多甲藻素。全世界约有130属，1000多种。多数为海产种类，少数产于淡水及半咸水水体中。中国常见的淡水种类有4个属15种。

植物体除少数为丝状或球状类型外，绝大多数为具鞭毛的单细胞游动种类。有些种的细胞壁由2片组成，多数种类的细胞由横沟或称腰带把细胞分成上、下两部分。细胞壁多数系由若干多角形的板片组成，板片的数目和排列方式是分类的主要依据；在细胞腹面具与横沟垂直而向后端延伸的纵沟。鞭毛2条，顶生或在横沟与纵沟中各生1条鞭毛。色素体呈黄绿、黄褐色，罕为蓝色，少数种类无色素体。常具蛋白核；贮藏物质为淀粉，也可产生油滴。眼点有或无。细胞核呈圆形、椭圆形或马蹄形等。染色体在细胞分裂期间呈串珠状、密集，在整个有丝分裂过程中核膜不消失，不形成纺锤体，无着丝点，有人特称作间核或甲藻核。细胞分裂是普遍的繁殖方法，有时也产生动孢子、不动孢子或休眠孢子。

本门大部分种类可作鱼类及水生动物的饵料。浮游种类中，特别是海产的，是水生生物食物链中的原初生产者之一；有些种类如多甲藻目中的膝沟藻在过量繁殖时形成赤潮，使水呈红色、淡红褐色并发出腥臭味，使水的溶氧量降低，并且分泌毒素——石房蛤毒素及其衍生物，能使其他水生生物死亡，对水产造成危害。