生物武器防护（biological weapon，defence against），为预防生物武器袭击的危害，消除袭击后果，治疗病人、病畜所采取的措施。是军队作战保障的组成部分，由各级指挥员和有关勤务部门组织实施。目的是减少人、畜受染、发病和传染病流行，保护有生力量。

生物武器有较强的致病性和传染性，前方和后方、军队和居民、人员和牲畜都可能受到袭击，发病后又可能互相传播。主要防护措施是：①做好经常性的防疫工作，如进行防疫、防护的宣传教育，开展群众性卫生运动。②组织观察、侦察和检验，及时发现敌生物武器袭击。③做好个人防护和集体防护。④对污染区要及时标示范围，监视疫情，控制人员通行。⑤加强疫区管理，控制传染病向外传播。由于生物战剂种类的增加和施放方法的改进，未来战争中生物武器防护的措施将比过去更为复杂。