坏死性小肠结肠炎，为一种获得性疾病,主要在早产儿或患病的新生儿中发生,其特征为粘膜甚至为肠深层的坏死,最常发生在回肠末端,结肠和近端小肠很少受累.

在发生坏死性小肠结肠炎的新生儿中，在小肠中通常有三个因素出现：持续的肠缺血损害，细菌定植，肠腔内底物（如经肠喂养）。

引起坏死性小肠结肠炎的原因尚不明确。已确信肠缺血损害可破坏肠道产生粘液，导致肠道易受细菌侵袭。一旦开始喂养，为肠道细菌繁殖提供了充足的底物，而细菌可渗透过肠壁，产生氢气并积聚，产生X线上特征性的肠壁积气，气体并可进入门静脉，通过腹部X线平片或肝脏B超可见到肝脏上面的门静脉积气。随着病变的进展，可导致整层肠壁的坏死，穿孔，腹膜炎，败血症和死亡。

缺血性损害可由于缺氧性损害所触发的原始潜水反射引起的肠系膜动脉痉挛，导致肠道的血流明显减少；在换血过程中，败血症时期或用高张力配方奶喂养时，肠道血流减少导致肠缺血性损害。同样，先天性心脏病可减少体循环血流，或动脉血氧饱和度的降低，导致肠道发生缺氧/缺血，从而发生坏死性小肠结肠炎。

关于母乳喂养提供保护性作用的说法尚未得到证实。

肠坏死从粘膜层开始，逐渐累及肠壁全层，导致穿孔，1/3的新生儿发生败血症。