肺真菌病（pulmonary mycosis），由真菌感染引起的肺部疾病。肺通过呼吸道与外界相通，可吸入真菌致病；身体其他部位寄生的真菌可侵入血循环到达肺部致病，故肺是深部真菌感染最常见的部位。致人类患病的真菌有两类，一类可引起健康人发生肺部感染如荚膜组织胞浆菌病、芽生菌病、球孢子菌病等，中国很少见。第二类可寄生在人体的某个部位如上呼吸道、消化道，平时并不使健康人患病，当有慢性肺疾病，如肺结核空洞、支气管扩张或患有糖尿病、恶性肿瘤、白血病、HIV感染或AIDS病患者，以及因器官、骨髓、干细胞移植或其他疾病大剂量使用肾上腺皮质激素、细胞毒药物时损伤机体免疫功能而致病。此外，长期并大量应用广谱抗生素可引起菌群失调，真菌繁殖也可导致肺真菌病发生，此类乃是继发性真菌感染又称为机遇性感染，以念珠菌、曲霉菌最多见，其次为新生隐球菌、毛霉菌等。混合性真菌感染也占一定比率。继发性肺真菌病近年来患病率有明显的增加，由于诊断治疗困难，病死率高，已引起临床重视。

肺真菌病的临床表现并无特征性，因此对真菌感染的高危人群，主要是免疫功能低下患者需要提高肺真菌病的警惕性，当肺部感染难以控制或肺内出现难以用细菌性肺炎解释的阴影时，要多次作痰培养，或作支气管镜活检、支气管肺泡灌洗等检查和真菌培养，结合临床资料分析判断。有时甚至需要进行肺穿刺或开胸肺活检才能确诊。

现在有两性霉素B、氟康唑、伊曲康唑和5FC等抗真菌药物，需要根据致病真菌的性质和患者病情使用。但由于不同真菌的耐药性、药物的副作用，以及患者病情的复杂性，治疗效果常不满意。应当努力研究提高肺真菌病的诊断技术，开发新的更多、更有效的抗真菌药物，并对高危患者注意此病的预防，方能改善肺真菌病的预后。