远缘杂交（汉语拼音：Yuanyuan Zajiao；英语：Distant Hybridization），不同种间、属间甚至亲缘关系更远的物种之间的杂交。可以把不同种、属的特征、特性结合起来，突破种属界限，扩大遗传变异，从而创造新的变异类型或新物种。由于远缘杂交往往重演物种的进化的历程，故也是研究生物进化的重要实验手段。远缘杂交一般不易结实，即使结实，杂种也通常不育或夭亡，杂种后代分离幅度大，分离世代长且不易稳定。远缘杂交在育种上的意义主要是：创造新物种、改良旧物种、创造和利用杂种优势。

获得远缘杂种通常要克服3方面的困难：①杂交不亲和性。可根据具体情况分别采用：广泛测交；改变授粉方法；预先无性接近法；媒介法；改变亲本染色体的倍数性；理化因素处理，或其他方法克服。②杂种夭亡或不育。由于远缘亲本在遗传、生理上的巨大差异，即使克服了受精过程的障碍，在胚乳植物中还可能出现胚与胚乳之间发育不协调以致幼胚败育。可采用杂种幼胚离体培养解决。造成杂种不育的原因多半是由于来自双亲的异源染色体不能正常配对，破坏了减数分裂的正常进程和大小孢子形成。利用秋水仙碱处理杂种使染色体加倍，不仅可克服杂种不育，还可创造新种。通过延长生育期、改善营养条件等措施对克服杂种夭亡、提高杂种育性，有时也有一定作用。③疯狂分离。由于来自双亲的异源染色体不能互相配对而形成大量单价染色体，在连续几个世代的配子形成过程中，随机分散到杂种后代的细胞内，形成多种多样的性状变异。解决办法是染色体加倍或回交。